《新疆医科大学学报》在教育部组织的2014年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选中荣获二等，这是本刊自2012年以来连续第三次获此殊荣。
为了更好地促进科技期刊健康发展，提高质量，推动数字化建设，提高期刊刊载论文的引用率，扩大影响力，促进论文免费共享，建设良好的科研，使科技期刊更好地为科研和科研工作者服务，根据教技发中心函[2014]140号文件《关于组织2014年度“中国科技论文在线优秀期刊” 评选活动的通知》，《新疆医科大学学报》积极参加了此次申报活动。
教育部科技发展中心对截至2014年12月31日已收录在“中国科技论文在线”《科技期刊》栏目的期刊，经过严格评审，评选出一等 111项，其中医药卫生类科技期刊12项;二等183项，其中医药卫生类科技期刊25项。